È un remake per DS di Xenosaga ep. I ed ep. II, in 2D. Questa versione risulta interessante perchè narra le vicende di ep. II da un punto di vista differente rispetto a quello della versione per PlayStation 2 che si incentrava principalmente sulla questione tra Jr. ed Albedo. La storia di Xenosaga I·II è invece incentrata più sulla vicenda di Shion.